Высокое содержание сероводорода в озере, казалось бы, исключает существование всякой растительности. Но она есть. Это диатомовые и сине-зеленые водоросли. Один из видов сине-зеленых водорослей нигде больше в мире, кроме Серного озера, не встречается. Этот эндемик впервые был описан ботаником А. П. Пономаревым. Из других низших организмов в воде озера преобладают пурпурные серобактерии и зеленые бактерии.